Es codirector de la Fundación por Causa, dedicada a la investigación social y el periodismo. Es asesor del cambio digital de La Prensa de Panamá. También colabora con eldiario.es, de España, y forma parte del consejo de redacción de la revista Cuadernos de Periodistas de la Asociación de la Prensa de Madrid. Fue responsable entre 2010 y 2012 del último cambio digital de El País, que se convirtió en el periódico online líder en castellano. Fue director de elmundo.es de 2000 a 2006, cuando su plataforma se convirtió en la más vista en habla hispana. Lafuente creó en 2007 Soitu, el único medio español incluido en la colección permanente del Newseum de Washington.